三板市场起源于2001年成立的“代办股份转让系统”，该系统主要是为退市公司和原STAQ和NET系统内公司提供股份流通的场所，俗称为“旧三板”。2006年，中关村科技园区非上市股份公司进入代办转让系统进行股份报价转让，称为“新三板”。与老三板的根本不同在于，"新三板"的挂牌企业是注册于国家高新技术产业园区的"创新性企业"，主要品种包括IT信息业、生物制药、新材料、新能源、文化传媒等质地优良的公司。 2012年9月，经国务院批准，依据证券法设立的继上海证券交易所、深圳证券交易所之后第三家全国性证券交易场所，并注册成立了全国中小企业股份转让系统公司，全国中小企业股份转让系统成为新三板的正式名称。随着新三板市场的逐步完善，我国将逐步形成由主板、创业板、场外柜台交易网络和产权市场在内的多层次资本市场体系，在场所性质和法律定位上，全国股份转让系统与证券交易所是相同的。
      2012年，经国务院批准，决定扩大非上市股份公司股份转让试点（即新三板），首批扩大试点新增上海张江高新技术产业开发区、武汉东湖新技术产业开发区和天津滨海高新区。2013年12月国务院下发的《关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》，新三板不再局限于中关村科技园区非上市股份有限公司，也不局限于天津滨海、武汉东湖以及上海张江等试点地的非上市股份有限公司，而是建设成为全国性的非上市股份有限公司股权交易平台，主要针对的是中小企业。现在说的新三板市场，指的是全国中小企业股份转让系统。