沪港通试点以来，相关税收政策也成为市民热议的话题。财政部、国家税务总局和证监会联合下发《关于沪港股票市场交易互联互通机制试点有关税收政策的通知》(财税[2014]81号)和《关于QFII和 RQFII取得中国境内的股票等权益性投资资产转让所得暂免征收企业所得税问题的通知》(财税[2014]79号)，明确了沪港通试点涉及的所得税、营业税和证券(股票)交易印花税等税收政策以及QFII、RQFII所得税等政策问题。这些税收政策对促进中国内地与香港资本市场双向开放和健康发展将发挥积极作用。主要包括以下五大方面：
　　1)对内地个人通过沪港通投资港股的转让差价所得，自2014年11月17日起至2017年11月16日止，三年内暂免征收个人所得税。
　　2)对香港市场投资者(包括企业和个人)通过沪港通投资上交所上市A股的转让差价所得，自2014年11月17日起，暂免征收企业所得税和个人所得税。
　　3)对香港市场投资者(包括单位和个人)通过沪港通买卖上交所上市A股的差价收入，自2014年11月17日起，暂免征收营业税。
　　4)自2014年11月17日起，香港市场投资者通过沪港通买卖、继承、赠与上交所上市A股，按内地现行税制规定缴纳证券(股票)交易印花税。内地投资者通过沪港通买卖、继承、赠与联交所上市股票，按照香港特别行政区现行税法规定缴纳印花税。
　　5)对内地企业投资港股的转让差价所得、内地企业和个人投资港股的股息红利所得、以及香港市场投资者(包括企业和个人)投资上交所上市A股的股息红利所得，应分别按照我国企业所得税法、个人所得税法以及内地和香港税收安排、我国与其他国家签订的税收协定的相关规定征税。