此次医改方案的修订，是各方意见调和的结果。
其中，补供方还是补需方？一直是医改路径之争的核心问题，方案在“投入机制”政策设计中，给出了“融合”解决之道，即政府增加卫生投入，并兼顾供给方(即直接补助医疗机构)和需求方(补贴公众参加医疗保险)。
实质上，供需之争体现了卫生筹资体制和医疗服务体系的路径之争。简单而言，就是医疗费用从哪里来？医疗服务如何提供？
这一问题引发了学界两种观点之争。北京大学、国研中心等被认为是“补供方”的典型代表，而北师大等研究机构则是旗帜鲜明“补需方”的支持者。与此对应，公立医院恢复公益性、低价高质提供医疗服务，医保第三方购买医疗服务，成为各自构想的医疗服务体系。
“两方都补，只是补供方的范围缩小到了基层医疗机构。”上述参加征求意见的专家表示，方案最终把补供方“落定”在乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等，即政府财政投入这类医院，使其正常运行。
而对于其他公立医院，逐步加大政府投入。“原有的财政补助，也不会减少。”上述专家分析，现有公立医院在基本建设和设备购置上，仍会继续得到相应财政投入，但不会所有医院都投入，重点倾向领域是中医院、传染病医院、精神病院等。
实质上，补需方已经在今年开展，如政府提高了参加新型合作医疗的财政补助，并对城镇居民医保的参与者进行补助。
与补供需相关的另一个争议话题是医疗服务体系怎样构建？与补供需之争相应，也有两种路径，即政府直接举办医院，实施收支两条线管理，无论公私医院，只要提供相应服务，采取政府购买形式。
“这种做法是令医疗服务体系回退到计划体制。”对此，9套医改方案参与者之一、北京大学政府管理学院教授顾昕发出了诸多疑问，如可能导致医疗效率低下、医务人员积极性不够等，还包括最可能出现的行政监管漏洞和权力寻租空间。
顾昕认为，应该把财政钱补给“需方”即医保，通过医保购买医疗机构的医疗服务的形式，获得最终的医疗服务。他的观点在地方医改创新中已有践行，如江苏镇江就采用按人头付费、医保总额预付等购买社区服务的方式。
“政府增加的投入并没有超出政府的财政能力，也不是想象的‘无底洞’。”华中科技大学同济医学院教授姚岚称，他在今年九月份递交给卫生部的“社区实施收支两条线”实地调研报告中表示，政府加大对医疗机构的财政投入，不像之前争议的可能是财政“无底洞”。同时给出结论：“收支两条线”并没有带来医院服务效率下降，反而是社区卫生服务机构药品利润率在下降，服务满意度提高。
“收支两条线是一种医院管理方式，从技术上而言是成熟的。”日前，本报记者参加的一个小型讨论会上，卫生部的一位官员称，“收支两条线”是一种财务管理方式，不能称其为回归计划经济。
对于上述争议，新医改方案中给出了融合的答案，即政府举办的城市社区医疗机构和乡镇卫生院等基层医疗机构，要明确收支范围和标准，实行核定任务、核定收支、绩效考核补助的财务管理办法。政府承担这类医疗机构的基本建设、设备购置、人员经费和公共卫生服务的业务费用。
“方案整体的思路是，两种方式都可以采用，地方可以根据自身特点，选择某种形式。”上述参与医改征求意见的专家分析，方案为地方留下了选择空间。
“如果地方愿意，也容许其探索对二、三级医院进行‘收支两条线’的管理方式。”该专家表示。
而对社会力量举办的社区卫生机构，方案提出“各地可采取购买服务等方式核定政府补助。对乡村医师承担的公共卫生服务等任务给予合理补助”。
