这项改革涉及到的最为敏感的问题，是中央地方如何分税。增值税是中国第一大税种，其收入占到全国税收收入的32%，目前属国税，中央每年返还25%给地方；营业税则是地方税，并且是地方税中最大的一个税种。如果营业税被增值税替代，直接的后果是地方将失去第一大税种。
除了收入分配，机构改制也是一大困难。“咱们有国税和地税，营业税是地方税中最大的一个，地税部门如果没有了营业税其职能将受到质疑”，安体富说，原来的大部制设想当中，有一种是国税和地税合并。
安体富认为如果不能一次替代，可以分步实施，他也赞成先把跟固定资产关系密切的交通运输、建筑安装等行业改成增值税。
另外，从平衡的角度，他提出，还有一种实施方案，即营业税改成增值税后，这部分服务业的增值税继续由地税部门征收，并作为地税收入入库。即所有的税制都变成增值税，但税收收入的归宿不变，还是给地方。这可以提高地方对推进这项改革的积极性。不过他强调，最理想的就是一步改成增值税，体制、机制、机构一步调整到位。
针对增值税替代营业税后，服务业的增值税税率确定为多少，是与生产企业相区别还是统一为一个税率，杨志勇认为，应该实行统一税率，因为增值税是中性税，不鼓励多档税率，“有可能权衡生产和服务各行业后，统一制订一个新的税率。”
杨志勇介绍说，国际上很多国家已经进行了增值税替代营业税的改革，其中新西兰的模式值得中国借鉴。
新西兰在上世纪80年代就以增值税代替了税率档次繁多的营业税。在新西兰增值税被称作货物与劳务税。新的增值税税率实行单一税率。
由于增值税的税负可以转嫁，其最终负税人仍然是消费者个人。因此，大范围地引进增值税，扩大增值税征收范围需要相应降低直接税尤其是个人所得税的税率，使纳税人的税负不致过重。
当时，新西兰同时调低了个人所得税最高边际税率，从原来的66%降到30%，实行宽税基，此外还降低了公司税率。
安体富建议，中国的税制改革应该首先通盘考虑整个宏观税负水平、税收结构、整个财政收入因素，在这个大背景下，对某一税种进行调整。
