1993年底，我国增值税诞生14年后，为了适应建立社会主义市场经济体制的需要，国务院批准了国家税务总局报送的《工商税制改革实施方案》。该方案从1994年1月1日起施行，由此开始了新中国成立以来规模最大、范围最广泛、内容最深刻的一次税制改革。
《工商税制改革实施方案》指出，流转税制改革是整个税制改革的关键。当时的流转税制包括增值税、产品税和营业税三个税种，在大部分工业生产领域征收增值税，对少数工业产品(烟、酒、电力、石化、化工等)征收产品税，营业税主要在商业和其他第三产业征收。改革后的流转税制由增值税、消费税和营业税组成。在工业生产领域和批发零售商业以及修理修配行业普遍征收增值税，对少量消费品征收消费税，对不实行增值税的劳务和销售不动产征收营业税。新的流转税制统一适用于内资企业、外商投资企业和外国企业，取消对外资企业征收的工商统一税。
按照上述思路，《工商税制改革实施方案》提出了增值税改革的要点，例如，对商品的生产、批发、零售和进口全面实行增值税，对绝大部分劳务和销售不动产暂不实行增值税。增值税税率采取基本税率再加一档低税率和零税率的模式。按照基本保持原税负的原则，并考虑到实行价外税后税基缩小的因素，增值税的基本税率拟定为17%；低税率拟定为13%，低税率的适用范围包括基本食品和农业生产资料等；出口商品一般适用零税率。增值税实行价外计征的办法，即按不包含增值税税金的商品价格和规定的税率计算征收增值税。实行根据发票注明税金进行税款抵扣的制度，即零售以前各环节销售商品时，必须按规定在发货票上分别注明增值税税金和不含增值税的价格。为了适应我国消费者的习惯，商品零售环节实行价内税，发票不单独注明税金。对年销售额较少、会计核算不健全的小型纳税人，实行按销售收入全额和规定的征收率计征增值税的简便办法。改革增值税纳税制度。对增值税的纳税人进行专门的税务登记，使用增值税专用发票，建立对纳税人购销双方进行交叉审计的稽查体系和防止偷逃税、规范减免税的内在机制。
1993年12月13日，国务院发布了《增值税暂行条例》，从1994年1月1日起施行，同时废除了1984年发布的《增值税条例（草案）》、《产品税条例（草案）》。1993年12月25日，财政部发布了《增值税暂行条例实施细则》，1993年12月27日国家税务总局发布了《增值税专用发票使用规定（试行）》。
从1994年起，增值税制度在我国全面推行。与1984年建立的增值税制度相比，1994年增值税制度在税制建设中遵循了普遍征收、中性和简化三项原则。普遍征收原则是规范化增值税制度的基本要求，普遍征收体现在扩大征税范围和纳税人范围两个方面。征税范围扩大到商品生产、批发、零售和进口的四个环节，此外还包括加工、修理修配两项劳务。在我国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，都成为增值税纳税义务人。从中性原则方面看，增值税税率采取基本税率再加一档低税率和零税率的模式，绝大多数货物按照基本税率征税。从简化方面看，主要体现在计税方法上，对一般纳税人采取规范的购进扣税法，对小规模纳税人则采取简易办法征税，符合我国国情。
