概述
全国股份转让系统与沪深交易所都是经国务院批准设立的全国性证券交易场所，从这个意义上讲，三者在市场性质和法律定位上并无区别，主要区别在于服务对象不同、投资者结构不同、交易方式不同。沪深市场是中国资本市场的顶层市场，具有高度公众化的特征，市场流动性和融资效率较高，因此发行上市的标准也相对较高，企业规模相对较大。全国股份转让系统主要服务于创新、创业、成长型中小微企业，实行较为严格的投资者适当性管理制度，并适应挂牌公司差异较大的特性，实行多元化的交易机制。其市场运行以自律监管为主，探索实行更加市场化的管理机制。
新三板与主板、创业板的区别
（1）新三板无硬性财务指标要求
现有规则更看重企业的持续经营能力，对营业收入、净利润等财务指标无硬性要求。实际操作中，为完善改制，经审计的净资产至少应达到500万元。
（2）新三板挂牌条件弹性较大
创业板、中小板的上市条件众多，在主题资格、独立性、规范运行、财务会计、募集资金投向等方面都有严格限制（如：创业板发行条件仅明文规定的就有19条）。而目前新三板挂牌的法定条件仅6条，且多为定性指标，具体尺度由主办券商判断、把握。
（3）新三板挂牌成本低、周期短
公司支付给各个中介的费用不到主板、创业板的十分之一，且地方政府一般会提供财政补贴，企业的改制、挂牌成本极低。从主办券商进场到股票挂牌一般需要半年左右时间。而股票进入主板或创业板，从接受辅导到股票上市一般需要一年半以上的时间。
（4）新三板可自行选择融资对象及融资时点
主板、创业板市场只能选择IPO方式向不特定对象发行新股融资，上市当时就要稀释原股东的股权，上市后再融资也要经过严格的审批程序。而在新三板挂牌则可由企业自行决定是否融资，以及融资时点、融资对象。
（5）新三板适度信息披露原则
与主板、创业板相比，新三板对强制披露事项、披露流程进行简化，例如，不要求披露季报，在制定网站披露即可（不要求在报纸上披露）。
新三板与区域性股权市场的区别
全国股份转让系统是经国务院批准，依照证券法设立的全国性证券交易场所，挂牌公司是纳入证监会统一监管的非上市公众公司，股东人数可以超过200人，交易方式的选择也没有限制，已经发布了普通股票发行融资的规则，并购重组、优先股也做了制度安排，还将发布债券融资的制度等。
区域股权市场受国发〔2011〕38号文规范，是经省级政府批准设立的非公开市场，原则上不得跨区域经营，不得采取集中的、连续的及做市商等方式进行交易。在符合国发〔2011〕38号文要求的区域性股权市场进行股权非公开转让的公司，符合挂牌条件的，可以申请在全国股份转让系统公开转让股份。不同层次的市场都有自己的发展空间，应找准定位，为企业提供差异化的服务。二者都是场外市场，是竞争关系也是互补关系。
