为规范股权出资登记，根据《公司法》、《公司登记管理条例》等法律法规的规定，2009年1月14日，国家工商行政管理总局以39号令公布了《股权出资登记管理办法》（以下简称办法），办法自2009年3月1日起施行。
办法对投资人以其持有的在中国境内设立的有限责任公司或者股份有限公司的股权作为出资，投资于境内其他有限责任公司或者股份有限公司（以下统称被投资公司）的登记管理进行了明确。
办法规定，用作出资的股权应当权属清楚、权能完整、依法可以转让；全体股东以股权作价出资金额和其他非货币财产作价出资金额之和不得高于被投资公司注册资本的百分之七十。
办法指出，公司设立时，投资人以股权出资的，自被投资公司成立之日起一年内，投资人应当实际缴纳，被投资公司应当办理实收资本变更登记。
公司增加注册资本时，投资人以股权出资的，应当在被投资公司申请办理增加注册资本变更登记前实际缴纳。
投资人以持有的有限责任公司股权实际缴纳出资的，股权公司应当向公司登记机关申请办理将该股权的持有人变更为被投资公司的变更登记。
投资人以持有的股份有限公司股权实际缴纳出资, 出资股权在证券登记结算机构登记的，应当按照规定经证券交易所和证券登记结算机构办理股份转让和过户登记手续；其他股权依照法定方式转让给被投资公司。
办法还明确，用作出资的股权应当经依法设立的评估机构评估；股权出资实际缴纳后，应当经依法设立的验资机构验资并出具验资证明。
在被投资公司登记方面，办法规定，投资人在公司设立时，依法以股权出资的，被投资公司应当在申请办理设立登记时办理股权认缴出资的出资人姓名或者名称，以及出资额、出资方式和出资时间登记。投资人实际缴纳股权出资后，被投资公司应当申请办理实收资本变更登记，被投资公司属于有限责任公司或者以发起设立方式设立的股份有限公司的，还应当申请办理有关投资人实际缴纳出资额、出资时间等的变更登记。
投资人在公司增加注册资本时，以股权实际缴纳出资的，被投资公司应当申请办理注册资本和实收资本变更登记。被投资公司属于有限责任公司的，还应当申请办理有关投资人姓名或者名称，以及认缴和实际缴纳的出资额、出资时间等的变更登记。
办法还对股权出资的相关法律责任做出了规定，投资人、被投资公司的股权出资行为违反《公司法》、《公司登记管理条例》以及本办法规定的，验资机构、资产评估机构出具虚假证明文件或者因过失提供有重大遗漏的报告的，公司登记机关依照《公司法》、《公司登记管理条例》等有关规定予以查处。
